Молекулярная механика

Cилове поле используется для минимизации энергии растяжения-сжатия связи в молекуле этана

Молекулярная механика - использует классическую механику для моделирования молекулярных систем. Потенциальная энергия всех систем в рамках молекулярной механики рассчитывается с использованием силовых полей. Молекулярную механику можно использовать для изучения как малых молекул, так и крупных биологических систем или молекулярных агрегатов, состоящих из тысяч и даже миллионов атомов.

Методы молекулярной механики принимают следующие допущения:

• каждый атом симулируется как одна отдельная частица;
• каждой частице присваивается радиус (обычно радиус Ван дер Ваальса), поляризовнисть и неизменный заряд (всего выведен из квантово-химических расчетов и (или) эксперимента)
• связывающие взаимодействия рассматриваются как " пружины "с равновесной длиной равной экспериментальной или расчетной длине химической связи.

Возможны различные вариации этой схемы. Так, многие моделирований используют концепцию так называемого "объединенного атома", то есть различные группы, такие как углеводородные радикалы (например, метил) и метиленовая группа рассматриваются как одна частица. Более того, крупные белковые системы обычно моделируются используя "бусин" модель, в которой аминокислоты моделируются двумя-четырьмя частицами.